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Unidad de Genómica y Citometría de Flujo

Responsable Científico: José Antonio Más Gutiérrez

Dirección: Avda Atenas s/n. Departamental I, 28922 Alcorcón

Departamento: Centro de Apoyo Tecnológico. CAT

Teléfono: 91 488 86 45  

Email: joseantonio.mas@urjc.es 

Web: www.urjc.es/genomica-cat

unidad genomica unidad genomica

 

Ensayos/Servicios que ofrece

  • Secuenciación de ADN (plásmidos y productos de PCR).
  • Genotipado y detección de mutaciones mediante el análisis de fragmentos de ADN amplificados por PCR y marcados con fluorescencia. Permite la detección simultánea de hasta cinco fluorocromos diferentes.
  • Cuantificación de la expresión génica.-
  • Cuantificación absoluta de ADN (cuantificación de microorganismos en muestras biológicas, cuantificación de dosis génica).-
  • Genotipado (detección de polimorfismos de un nucleótido).
  • Detección y cuantificación de ácidos nucleicos y proteínas marcados con fluorescencia presentes en soportes sólidos o en disolución como membranas, geles o placas de distintos tipos. Aplicable por tanto en escaneado de microarrays, geles bidimensionales de proteínas así como otras técnicas como son Southern, Northern y Western blot.
  • Hibridación y lavado de microarrays de DNA y proteínas.
  • Hibridación “in situ” en cortes de tejidos sobre portas de microscopía.
  • Cuantificación precisa y determinación de calidad de muestras de ácidosnucléicos y proteínas utilizando volúmenes muy pequeños de estas muestras. Proporciona el espectro de absorción de la muestra.
  • Extracción de RNA total y DNA genómico a partir de todo tipo de tejidos ycultivos celulares en un tiempo de entre 30 y 45 minutos. El tejido ha de ser homogenizado previamente.
  • Detección de proteínas en células en cultivo o de tejidos, análisis del ciclo celular, detección y cuantificación de microorganismos, estudios de viabilidad celular, detección de lípidos intracelulares, etc..

 

Personal del laboratorio

unid gen cito flujo personal

Equipos disponibles

Secuenciador por electroforesis capilar modelo ABI Prism 3100-Avant (Applied Biosystems).

Permite la secuenciación o análisis de 4 muestras en cada electroforesis y lectura simultanea de hasta 5 fluoróforos diferentes.

Aplicaciones:

-Secuenciación de ADN (plásmidos y productos de PCR).

-Genotipado y detección de mutaciones mediante el análisis de fragmentos de ADN amplificados por PCR y marcados con fluorescencia. Permite la detección simultánea de hasta cinco fluorocromos diferentes.

Sistemas de PCR en Tiempo Real ABI 7500 Fast y ABI 7000 SDS

Se trata dos sistemas de PCR en Tiempo Real que detectan y cuantifican secuencias de ácidos nucleicos. La detección de los productos de PCR acumulados ciclo a ciclo es posible mediante la combinación de ciclos de temperatura programados, la detección de fluorescencia y la utilización de aplicaciones informáticas específicas. Las principales aplicaciones son análisis de expresión génica, detección de mutaciones, detección y cuantificación de microorganismos, o determinación del número de copias de un gen en un genoma.

Aplicaciones:

-Cuantificación de la expresión génica.

-Cuantificación absoluta de ADN (cuantificación de microorganismos en muestras biológicas, cuantificación de dosis génica).

-Genotipado (detección de polimorfismos de un nucleótido).

 

Sistemas de fotodocumentación Molecular Imager Chemidoc MP y Typhoon 9210

Sistemas para el análisis de geles y membranas de DNA, RNA y proteínas, placas multipocillo escogiendo entre:

  • Fluorescencia de excitación verde directa.
  • Fluorescencia de excitación roja directa.
  • Quimioluminiscencia.

Permiten detectar hasta cuatro fluoróforos simultáneamente. Están equipados con software de análisis de imágenes y cuantificación de fluorescencia.

Aplicaciones:

-Detección y cuantificación de ácidos nucleicos y proteínas marcados con fluorescencia presentes en soportes sólidos o en disolución como membranas, geles o placas de distintos tipos. Aplicable por tanto en escaneado de microarrays, geles bidimensionales de proteínas así como otras técnicas como son Southern, Northern y Western blot.

 

Estación de hibridación de microarrays modelo HS400 Pro (Tecan).

Sistema automático de hibridación y lavado para microarrays de DNA y proteínas, sobre sobre soportes tipo portas de microscopía.

Aplicaciones:

-Hibridación y lavado de microarrays de DNA y proteínas.

-Hibridación “in situ” en cortes de tejidos sobre portas de microscopía.

 

Espectrofotómetro modelo Nanodrop 1000 (Thermo Scientific):

Espectrofotómetro que permite usar hasta 1 microlitro de muestra para su cuantificación.

Aplicaciones:

-Cuantificación precisa y determinación de calidad de muestras de ácidos

nucléicos y proteínas utilizando volúmenes muy pequeños de estas

muestras. Proporciona el espectro de absorción de la muestra.

 

Sistema de extracción de ácidos nucleicos modelo ABI Prism 6100

Nucleic Acid PrepStation (Applied Biosystems).

Equipo que permite la extracción de ácidos nucleicos de hasta 96 muestras

simultáneamente.

Aplicaciones:

-Extracción de RNA total y DNA genómico a partir de todo tipo de tejidos y

cultivos celulares en un tiempo de entre 30 y 45 minutos. El tejido ha de ser

homogenizado previamente.

 

Citómetro de flujo Beckman Coulter Cytomics FC500 MPL

Es un sistema para la medición de propiedades biológicas y físicas de células y otras partículas que han sido marcadas con un pigmento fluorescente. Estas propiedades se miden cuando las células atraviesan en fila un haz de láser y dispersan la luz o emiten fluorescencia al ser excitado el pigmento. Ejemplos de aplicaciones son detección de proteínas en células en cultivo o de tejidos, análisis del ciclo celular, detección y cuantificación de microorganismos, estudios de viabilidad celular, detección de lípidos intracelulares, etc.

 

Otros equipos accesorios de la Unidad de Genómica):

-Termociclador modelo Mastercicler (Eppendorf).

-Termociclador C1000 Touch (BioRad). Este equipo tiene dos bloques programables de forma independiente, cada uno de 48 pocillos.

-Centrífuga refrigerada modelo 5415R (Eppendorf).

-Espectrofotómetro modelo Biophotometer (Eppendorf).

-Congelador de -86 ºC NUAIRE de 483l.

-Termobloque modelo Accublock (labnet).

-Software específico para diseño de oligonucleótidos de PCR y

sondas taqman.

-Sofware para cuantificación de bandas de geles y spots en Typhoon

9210.

Certificación/Acreditación del Sistema de calidad

La Unidad de Genómica y Citometría de flujo, dispone de un sistema de gestión de calidad según la norma UNE-EN-ISO 9001:2015, auditado anualmente por una empresa externa, Bureau Veritas Certification, quien evalúa su adecuación y cumplimiento.
Esta Certificación confirma las buenas prácticas de la Unidad, y reconoce la madurez y eficacia de su Sistema de Gestión, al mismo tiempo que ratifica su compromiso con la mejora contínua. Supone el reconocimiento externo a la labor y al esfuerzo del personal involucrado en ofrecer a nuestros clientes el mejor servicio disponible.

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